Если у Вас есть данные о начислении зарплаты:
- зарплата рассчитанная в 1С:Зарплата и Кадры;
- зарплата рассчитанная в любой другой программе.

Можно ввести в 1С:Бухгалтерию итоговые проводки вручную по всем сотрудникам сразу. Назовем одного сотрудника "Зарплата Всех Сотрудников" и введем эту позицию в справочник Сотрудники.

Далее. Введем ручную операцию, назвав ее "Зарплата за Январь", например:
1.   д26 - к70         /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       Затраты на оплату труда
2.   д70 - к68.1      /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       Налог на доходы (НДФЛ)
3.         - к ДФЛ    /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       ДФЛ забалансовый
4.   д26 - к69.2.1   /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       ЕСН ФБ
5.   д26 - к69.2.2   /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       ПФР страховой
6.   д26 - к69.2.3   /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       ПФР накопительный
7.   д26 - к69.3.1   /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       ЕСН ФФОМС
8.   д26 - к69.3.2   /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       ЕСН ТФОМС
9.   д26 - к69.1      /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       ЕСН ФСС
10. д26 - к69.11    /Зарплата Всех Сотрудников/      Сумма/       НС и ПЗ

При "закрытии месяца" галочку у "Начисление налогов с ФОТ" надо снять. Уже сделали.

Далее. В феврале, например, копируем эту операцию и меняем суммы. 

КОНЕЧНО,  ВМЕСТО 26сч. можно использовать 20,25,26,41